अपर्णा को लिंगभेद के मुद्दे पर फिल्में बनाना पसंद है। वह कहती हैं, "समाज को संदेश देनेवाली मैं कौन होती हूं।"
उन्होंने कहा, "ऐसा इसलिए नहीं है कि मैं खुद एक महिला हूं, बल्कि इसलिए कि यह एक मानवीय मुद्दा है। 'गोयनार बाक्शो' मेरी तीसरी फिल्म है, जो लिंगभेद के मुद्दे पर आधारित है।" इससे पहले अपर्णा इसी मुद्दे पर 1984 में 'पनोरमा' और 2000 में 'परोमितर एक दिन' बना चुकी हैं।"
उनकी फिल्म 'गोयनार बाक्शो' का प्रदर्शन हाल ही में अबुधाबी फिल्म समारोह में किया गया, जिसमें उनकी बेटी अभिनेत्री कोंकणा सेन शर्मा और अभिनेत्री मौसमी चटर्जी ने काम किया है।